Uvod v BRugs, programska oprema za klic OpenBUGS iz R

Tukaj so koraki za namestitev BRugs (ki jih je prvotno napisal Andrew Thomas, kasneje podaljšan in sedaj vzdrževan na spletni strani “CRAN extras”, ki so jih postavili Uwe Ligges in Brian Ripley) in izvedli nekaj primerov naraščajočih težav:

  • Navodila za starejše različice R, ki ste jih prej namestili na cran.r-project.org: Preprosto zaženite R in prenesite paket BRugs tako, da vnesete: install.packages (“BRugs”)
  • Navodila za tiste, ki se šele začenjajo v R: Upoštevajte ta navodila, ki zahtevajo, da prenesete R različico 2.11 (* ne * najnovejšo različico)
  • Morda boste želeli prenesti datoteke pomoči R za BRugs, BRugs.pdf
  • Prenesite datoteke za primer 1: Hierarhični beta-binomni model za metanalizo deležev uspeha. Podatki so rezultati 9 študij o učinkovitosti (da ali ne) medicinskega pripomočka; študije imajo med 6 in 46 bolniki. Naš cilj je pridobiti boljše ocene verjetnosti uspeha v vsaki študiji z zadolževanjem moči med študijami in ocenimo napovedno verjetnost uspeha za pacienta v novi, 10. študiji, ki se še ni zgodila.

OPOZORILO: teh datotek ne shranjujte z desnim klikom v Raziskovalcu; namesto tega odprite datoteko in storite »File-Save As«, * OR * (še bolje) odprite datoteko in jo kopirajte-prilepite v datoteko .txt, da zagotovite pravilno dekodiranje voznih vrat!

Podatki in prihajajoče datoteke, ki jih potrebujejo BUGS, so v tem primeru dovolj preproste, da jih ustvarja kodo BRugs.

Iz R, kliknite “File” in potegnite navzdol do “Change dir”, da spremenite delovni imenik v tisto, kjer ste shranili zgornji datoteki (videli boste, da sem shranil moje datoteke v K: \ book3). Prav tako boste morali urediti ukaz “setwd” na vrhu datoteke BRugs ali preprosto komentirati to vrstico (na začetku vrstice postavite »#«).

Ko že govorimo o komentarjih, da shranite kopije parcel, ki so ustvarjeni, boste morda želeli un-komentarje ukazov “postcript” in “dev.off”. Dejansko, ko prvič zaganjate to, boste morda želeli preprosto izrezati in prilepiti ukaze v R eno vrstico hkrati, tako da lahko vidite, kaj vsakdo počne.

  • Prenesite datoteke za primer 2: Računanje natančnih standardiziranih preostalih odjemalskih enot in CPO vrednosti za podatke o izgubi stackov.
    (V tej različici sem datoteke shranil v K: \ book \ CL3 \ BRugs).

Od znotraj R izdajte datoteko stacks_BRugs.txt. To naj bi poklicali OpenBUGS 21-krat (enkrat za vsako podatkovno točko) in na koncu pridobiti ploskev dveh diagnostic.

Ta primer temelji na delu dr. Haijun Ma in sledi preostalim delom analize (str. 33-38) mojih vmesnih Bayesovih diapozitivov za kratke programe, ki sledijo oddelku 2.5 (str. 79-86) in vajah 22 (str. 104) knjige Carlin in Louis, Bayesove metode za analizo podatkov, ki sta jih objavila Chapman in Hall / CRC Press / Taylor in Francis.

  • Prenesite datoteke za primer 3: ocena moči za hipotetično klinično preskušanje na podlagi modela preživetja Weibull.
    (V tej različici sem datoteke shranil v C: \ BRugs \ PowerCalcs)

Iz R vnesite datoteko Power.BRugs (ali Power.R2WinBUGS). Ta datoteka ustvari podatke (kar je vse tukaj ponaredek, saj je to problem oblikovanja) in tudi začetne vrednosti.

Ta primer sledi delu kliničnega preskušanja (str. 39-44) mojih vmesnih diapozitivov za kratke programe za analizo Bayesovih podatkov, ki temeljijo na projektu Bayesovega razreda, ki ga je napisal Joe Koopmeiners. Klasična referenca na tem področju je:

  • Spiegelhalter, D.J., Freedman, L.S. in Parmar, M.K.B. (1994). Bayesovi pristopi k randomiziranim preskusom (z razpravo). J. Roy. Statist. Soc., Ser. A, 157, 357-416.

 

  • Prenesite datoteke za primer 4: ocena moči za klinično preskušanje zdravila na podlagi modela binomskega odziva (živ / mrtev).

Ta gradiva se nahajajo na ločeni spletni strani, ki jo je ustvaril Brian Hobbs, sedanji doktorat iz oddelka za biostatistiko Univerze v Minnesoti. Delo temelji na 3. poglavju časopisa Hobbs in Carlin, ki je bil predložen v Journal of Biopharmaceutical Statistics.

  • Prenesite datoteke za primer 5: Ocenitev moči za klinični preskus naprave na podlagi modela Cox preživetja.

Ta material je tudi na spletni strani Brian Hobbs in opisan v oddelku 4 knjige Hobbs in Carlin.


Nazaj na stran poučevanja Brad Carlin
Nazaj na stran programske opreme Brad Carlin
Nazaj na domačo stran Brad Carlin

Originalna povezava: http://www.biostat.umn.edu/~brad/software/BRugs/